《处罚办法》第8条列举了行政处罚的种类，增设“一定时期内不得申请行政许可”的处罚。这一处罚种类没有规定在《行政处罚法》中，不过在《行政处罚法》修订草案一审稿中曾有“不得申请行政许可”。
这一处罚种类在其他有关立法中也有体现。
《行政许可法》第78条规定：“行政许可申请人隐瞒有关情况或者提供虚假材料申请行政许可的，行政机关不予受理或者不予行政许可，并给予警告；行政许可申请属于直接关系公共安全、人身健康、生命财产安全事项的，申请人在一年内不得再次申请该行政许可。”
《排污许可管理条例》第40条规定：“排污单位以欺骗、贿赂等不正当手段申请取得排污许可证的，由审批部门依法撤销其排污许可证，处20万元以上50万元以下的罚款，3年内不得再次申请排污许可证。”禁止当事人在一定期限内申请许可，从源头剥夺了当事人一段时间申请许可的资格，属于行政处罚中的“资格罚”。
《处罚办法》与《行政处罚法》保持一致，将“没收违法所得”作为处罚。很多学者认为没收违法所得仅仅剥夺当事人的不法利益，并不具备惩罚性，不属于处罚。但在《行政处罚法》将其纳入行政处罚后，《处罚办法》也需要与其保持一致。
“没收违法所得”是否具备惩罚性在很大程度上取决于如何界定“违法所得”。旧《办法》规定：“当事人违法所获得的全部收入扣除当事人直接用于经营活动的合理支出，为违法所得。”这种“利润说”其实更贴合违法所得的一般理解。
如果按照这种界定，“没收违法所得”不具有惩罚性。但在具体落实过程中，由于当事人主观不愿配合和客观认定困难等因素，执法人员界定“经营活动的合理支出”存在较大难度，甚至在部分案件中当事人举证证明经营活动的支出超过了收入，导致无法没收违法所得。
《处罚办法》与旧《办法》的规定明显不同，照搬了修订后的《行政处罚法》的规定，第88条将“违法所得”界定为“实施违法行为所取得的款项”，采纳的是“营收说”，在这层意义上体现惩罚性。不过，“营收说”可能会对当事人产生较大影响，需要在执法中适当加以适当限制。
因此，证据的登记保存不属于行政强制措施，而是属于行政法中的证据保全。证据的先行登记保存必须符合比例原则。仅仅以保存证据为目的时，采取的先行登记保存措施应以保存证据所必要为限度，选择对当事人权益损害最小的方案实施，尽量不影响当事人的正常活动或者将影响减少到最小。
《处罚办法》第9条第3款规定：“责令改正或者限期改正不适用行政处罚程序的规定。”该规定事实上延续了旧《办法》第12条第2款的精神，该款规定：“根据最高人民法院关于行政行为种类和规范行政案件案由的规定，行政命令不属行政处罚。行政命令不适用行政处罚程序的规定。”
我国缺乏一般行政程序法，对于责令改正或限期改正之类的行政命令和环境行政命令的程序法也付之阙如，但不意味着责令改正或限期改正不需要遵守任何程序。事实上，责令改正或者限期改正以及行政处罚都属于行政行为，而且均属于给当事人带来不利后果的负担行为，存在需要共同遵循的程序。
有关行政命令的程序问题，需要从行政程序的理论和实践中寻找答案。行政法以正当程序原则为其遵循的基本原则之一，该原则要求在可能对行政相对人产生不利效果的行政行为中，行政机关应当执行一定程序，如事先履行告知义务，阐明行为理据，听取陈述与申辩，提供救济方式等。
四、对行政机关而言，正当程序包括三个必要因素：告知义务（事先告知、告知决定的内容和理由、教示救济途径等），听取当事人意见的义务（包括允许卷宗阅览义务），公正而理性作为之义务。
我国地方立法对行政行为程序均予以规定。
如《湖南省行政程序规定》设专章规定“行政执法程序”，将“行政执法”界定为“行政机关依据法律、法规和规章，作出的行政许可、行政处罚、行政强制、行政给付、行政征收、行政确认等影响公民、法人或者其他组织权利和义务的具体行政行为。”
显然，这里的行政执法包括了责令改正或限期改正。该规定载明了告知、调查、听取当事人陈述和申辩等程序。这些程序也是作为行政执法形式之一的行政处罚应当适用的程序。
对于“责令改正或者限期改正不适用行政处罚程序的规定”的理解不宜简单机械，不应当理解为凡是行政处罚程序一律不适用于责令改正或限期改正。责令改正或者限期改正也需要遵循如立案、调查取证、告知、决定等程序，这些程序是行政行为或行政决定的一般要求，并非专属于行政处罚的程序。
