一、稽查对象的变化
通过稽查对象的调整，一是上级生态环境主管部门可以对下级生态环境主管部门继续实施稽查，如国家对省级、市级生态环境主管部门；二是国家、省级生态环境主管部门可以对市级的派出机构，以及市级、县级生态环境执法机构实施稽查；三是市级生态环境主管部门可以对派出机构，以及其他承担生态环境保护综合行政执法职能的综合行政执法机构实施稽查。
二、稽查机构和人员的变化
随着综合行政执法改革的推进，各级执法机构层级和执法内容均发生了较大变化。《办法》适应现在的新形势，规定生态环境部生态环境执法局负责全国稽查工作的指导和监督，并视情开展稽查抽查；设区的市级以上生态环境主管部门执法机构或指定部门具体承担本行政区域内的稽查工作。生态环境部生态环境执法局仍是全国稽查工作的主管机构（司局），并增加了视情开展稽查的规定。
生态环境部的6个督查中心机构改革后，名称改为督察局，职能也相应调整为以承担生态环境保护督察相关工作为主，不再承担执法稽查职责。
各省级机构改革进展不一，有的省如山东省、福建省，仍有独立的省级执法机构；有的如广东省，在厅机关内部设执法处承担执法工作。就市级而言，变化不是很大，全国绝大部分地区在原有监察机构基础上成立了生态环境保护综合行政执法机构，隶属于市生态环境主管部门，具体承担稽查工作。
就稽查人员而言，新老办法均要求设置稽查岗位并配备人员。稽查人员应具备的资格条件，原《办法》规定3个条件：持有环境监察执法证件或有效的地方行政执法证件，具有较好的政治和业务素质，经国家或省级稽查专项业务培训合格。
《办法》对稽查人员应具备的条件进行了修订，除继续保留具有较好的政治和业务素质要求外，一是考虑到不再核发环境监察执法证件，规定稽查人员持有司法行政部门核发的行政执法证件；二是将培训时间限定为近3年内，培训内容扩大为参加过国家或省级稽查业务培训或岗位培训，非仅稽查专项业务培训；三是新增在生态环境执法岗位上工作3年以上，或者从事案件审查、法制审核等工作1年以上的要求。
因此，《办法》规定，稽查的内容包括规范执行生态环境保护综合行政执法事项情况，实施现场检查、行政处罚、行政强制情况和执行生态环境执法相关政策制度情况等。总体来看，稽查的内容还是主要依托生态环境部印发的《生态环境保护综合行政执法事项指导目录（2020年版）》。
同时，本次修订明确了稽查频次的要求。《办法》规定，原则上，省级生态环境主管部门每年要对本行政区域内30%以上的市级、5%的县级生态环境执法机构开展稽查；市级生态环境主管部门每年要对本行政区域内30%的符合《办法》第二条的单位或部门开展稽查。
在稽查程序和流程上，除正常的稽查通知、开展稽查、撰写稽查报告、制作稽查意见、被稽查单位整改普通稽查程序外，为适应生态环境保护信息化监管要求，新增通过移动执法系统等非现场方式开展简易稽查程序的规定。《办法》明确，通过移动执法系统等非现场方式开展稽查发现问题事实清楚、证据确凿的，稽查单位可以直接向被稽查单位反馈稽查结果的简易程序。
《办法》第四章共6条，既规定了纠错问责，又体现了“容错纠错、尽职免责”精神。
一是新增了故意拖延或者不按要求提供资料、拒不到场协助处理、提供虚假情况等7种妨碍稽查情形的责任追究规定，强化了稽查保障；
二是规定对执法内容不全面、程序不规范等5种情形限期改正，逾期不改正的通报批评；
三是规定对未依法履行职责造成严重后果、弄虚作假或故意隐瞒案情导致错误定案等6种严重情形的暂扣行政执法证件，并移交有关部门依规依纪处理；
四是规定了在追究责任时，要充分考虑主观过错、客观执法条件、危害后果及因果关系等因素，区分直接责任、批准责任、领导责任等；
五是新增了不可抗力、紧急避险等不予追究责任的7种情形，对执法人员在执法过程中主动担当、积极作为并正确履行职责的予以免责。
